Diilhamkan oleh Greta Thunberg, beliau mula mogok bersendirian terhadap ketidakgiatan orang ramai terhadap krisis iklim pada Januari 2019.[5] Pada mulanya, beliau merupakan satu-satunya pemprotes di luar Parlimen Uganda.[4] Namun, semakin ramai belia yang menyertai pergerakannya untuk menarik perhatian orang ramai terhadap nasib hutan hujan Congo.[6] Nakate telah mengasaskan Belia untuk Masa Depan Afrika dan juga Gerakan Bangkit yang berpangkalan di Afrika.[7]

Pada Disember 2019, Nakate merupakan salah seorang aktivis belia yang berucap pada persidangan COP25 di Sepanyol.[8]

Pada awal Januari 2020, beliau bersama 20 orang aktivis iklim belia yang lain mengeluarkan sebuah surat kepada peserta di Forum Ekonomi Dunia yang diadakan di Davos agar semua syarikat, bank dan kerajaan berhenti memberikan subsidi kepada industri bahan api fosil dengan segera.[9] Beliau merupakan salah seorang daripada lima delegasi antarabangsa yang dijemput oleh Arctic Basecamp untuk berkhemah bersama mereka di Davos semasa Forum Ekonomi Dunia diadakan; mereka kemudiannya menyertai perarakan iklim yang diadakan pada hari terakhir Forum tersebut.[10]

Pada Oktober 2020, Nakate memberi ucapan di Kuliah Keamanan Antarabangsa Desmond Tutu dan menggesa para pemimpin dunia untuk menyedari dan mengakui perubahan iklim sebagai sebuah krisis yang akan menyebabkan kemiskinan, kelaparan, penyakit, konflik dan keganasan terhadap wanita. "Perubahan iklim ialah mimpi ngeri yang menjejaskan setiap sektor kehidupan kita," kata beliau. “Bagaimanakah kita boleh membasmi kemiskinan tanpa memberikan perhatian kepada krisis ini? Bagaimanakah kita boleh menamatkan kelaparan jika perubahan iklim sedang menyebabkan berjuta-juta orang di dunia ini kebuluran? Kita akan melihat bencana demi bencana, cabaran demi cabaran, penderitaan demi penderitaan (...) sekiranya tiada tindakan yang diambil." Beliau juga menyeru para pemimpin untuk "meninggalkan zon selesa mereka dan sedar akan keadaan bahaya yang kita berada sekarang serta bertindak. Ini soal hidup dan mati.”[11]

Nakate memulakan Projek Sekolah Hijau, sebuah inisiatif tenaga boleh diperbaharui yang bertujuan untuk memasang panel solar dan dapur mesra alam di sekolah-sekolah Uganda.[12] Setakat ini, projek itu telah dijalankan di enam buah sekolah.[13]

Pada 9 Julai 2020 Vanessa Nakate telah ditemu bual oleh Angelina Jolie dan mereka berbincang tentang kuasa dan kepentingan suara orang Afrika dalam gerakan keadilan iklim.[14] Pada bulan Ogos, majalah Jeune Afrique menamakan beliau antara 100 tokoh Afrika yang paling berpengaruh.[15]

Pada bulan September, Vanessa berucap di sebuah panel bertajuk "Mencetuskan Era Kepimpinan Iklim Transformasi" yang dianjurkan oleh Institut Sumber Dunia. Beliau turut menyampaikan pandangannya di "Perbualan dengan Pengubah Iklim" anjuran Oxfam.[16] Vanessa Nakate diumumkan oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu sebagai pemimpin muda SDG 13 pada tahun 2020.[17][18] Nakate disenarai antara anak muda Afrika yang paling berpengaruh pada tahun 2020 oleh YouthLead. [19] Nakate ialah penceramah utama di Dialog Peralihan Tenaga Berlin 2021 pada 16 Mac 2021 bersama pemimpin dunia terkenal yang lain.[20][21]

Dalam rencananya yang diterbitkan di The Guardian pada bulan Oktober 2021, Nakate berhujah bahawa negara dan syarikat yang menyebabkan perubahan iklim harus memberi pampasan kepada negara dan komuniti Afrika yang mengalami kerugian dan kerosakan yang timbul daripada perubahan iklim.[22]

Dalam sebuah temu bual dengan Amy Goodman dalamDemocracy Now! pada 2009, Nakate berkata, "Negara saya dan kebanyakan rakyaknya sangat bergantung kepada pertanian. Jadi, sekiranya ladang kita dimusnahkan oleh banjir, kemarau atau hasil tanaman berkurang, itu bermakna harga makanan akan melambung. Oleh itu, hanya golongan yang paling kaya yang dapat membeli makanan. Merekalah yang mengeluarkan majoriti gas rumah hijau di negara kita, merekalah yang dapat bertahan semasa berlakunya krisis makanan, sedangkan kebanyakan orang yang tinggal di kampung dan luar bandar menghadapi masalah untuk mendapatkan makanan kerana harganya yang tinggi. Hal ini menyebabkan berlakunya kebuluran dan kematian. Secara harfiah, kekurangan hujan bermakna kelaparan dan kematian di negara saya bagi golongan yang kurang bernasib baik".[23]